日本侵华战争初期日本军队在中华民国首都南京犯下的大规模屠杀、强奸以及纵火、抢劫等战争罪行与反人类罪行。日军暴行的高潮从1937年12月13日攻占南京开始持续了6周，直到1938年2月南京的秩序才开始好转。据第二次世界大战结束后远东国际军事法庭和南京军事法庭的有关判决，在大屠杀中有20万以上至30万以上中国平民和战俘被日军杀害，约2万中国妇女遭到日军奸淫，南京城的三分之一被日军纵火烧毁。有后世日本历史学家曾经怀疑中国方面所声称的三十万被杀平民，实际上包括了这批在南京以外被杀的华东人口。然而，中国历史学家反称，若连华东地区被杀人口也计算在内的话，总数可能会高达一百万人。
731部队在官方文书上的伪装为关东军第659部队(防疫给水部)下之第731防疫饮水净化部队，实际隶属于日本陆军军医学校防疫研究室，研究内容除了研究防治疾病与饮水净化以外，更多时候是使用活体人类进行生物武器与化学武器的效果实验。731部队把基地建在中国东北哈尔滨平房区，这一区域当时是傀儡政权满洲国的一部分。超过3000名中国人、朝鲜人和联军战俘在731部队的试验中死亡
日本军队在第二次世界大战征召的随军妓女(在日本国内是自愿和有偿的)，为日军提供性服务的女性，后来在二战中演变成在占领区强征民间妇女充当军妓的制度。1937年以后，大部分被“自愿”和“有偿的”或强迫的“慰安妇”来自日本(包括日治台湾、朝鲜半岛)，中国，也有部分东南亚，荷兰女性。在这一制度下，东亚有数十万妇女被日军征召为军妓。朝鲜中央通讯社主张朝鲜人的“慰安妇”有14万人，上海师范大学教授苏智良也主张中国妇女沦为“慰安妇”的有二十万人，但两者都数据来源不明。有的历史学家认为曾经沦为慰安妇的各国妇女达40万，甚至更多
日本帝国陆军，特别是华北方面军(北支那方面军)所行的烬灭作戦(或称烬灭扫讨作戦)在中文中的称呼，最早见于1941年刊行的解放日报。烬灭作战是一种暴力政策，以中国华北为中心，而主要是对中国共产党的八路军游击队所作的根据地根除作战，具体指战争中对平民及非武装人员实施杀光、烧光和抢光的政策，常见于战争状态下的国度。所谓“杀”，即是指将邻国的任何人类大肆屠杀;而“烧”，即是指将建筑物烧毁，藉糟蹋建筑物的价值以削弱邻国的经济产业力量(邻国必须消耗时间及资金以作重建、抑或完全放弃建筑物遗迹，造成土地的虚耗);而“抢”，即是指直接掠夺邻国的财物以重创邻国的经济，造成经济上的困境。在此三字再各自加上“光”字作为后缀，即是在这般的行为基础之上再次强调“直到穷尽”的条件。
中国抗日战争期间，由1938年2月18日起至1943年8月23日，日本对战时中国陪都重庆进行了长达5年半的战略轰炸。据不完全统计，在5年间日本对重庆进行轰炸218次，出动9000多架次的飞机，投弹11500枚以上。重庆死于轰炸者10,000以上，超过17,600幢房屋被毁，市区大部份繁华地区被破坏。
1938年农历正月十七，日军6000多人在今日珠海市三灶岛莲塘湾登陆，随即在三灶岛进行大屠杀行动，2891名村民被杀害，另外有3500多人饿死。日军在这里还将由朝鲜、台湾和横琴等地抓来建飞机场的3000多名民工秘密杀害。1945年日本战败投降，逃亡外地的三灶岛民陆续返回岛屿，并收拾死难同胞的尸骸，投入乱葬岗内。
1948年由当地华侨和港澳同胞筹款修建了万人坟。
1937年12月13日，中华民国的首都南京在一片混乱中沦陷，30余万军民惨遭屠戮。
消息传到徐州，第五战区司令长官李宗仁一级上将的眉头皱了起来。自八一三淞沪会战开始，中国的抗日战争形成一北一南两个战场。中国军队在上海弹丸之地抵抗日军海陆空联合进攻数月之久，使地处两个战场之间的第五战区能够抽调足够兵力，布置鲁南苏北防线，阻止日军南下;并在沿海建立要点防御，预防日军的战略登陆，如一道磐石，耸立在南北两路日军之间，使其不能会师。可是现在淞沪已败，南京又失，日军随时可能向北进攻，若被其乘隙突破，则集中于鲁南苏北的大军将遭受腹背受敌、分割歼灭的危险，扼守津浦、陇海两条铁路的交叉点的重镇徐州也将不保。
同时，北线的日军又在节节进逼，战区一时无法抽调足够兵力南下。挡在南京与徐州之间淮河南岸的部队，只有布防于明光、定远一线的第31军，能否争取更多时间，全看这支李长官从广西带来的子弟兵了。
第31军于1937年9月在广西南宁正式成立，是桂系的第3个军。军长由赣军出身的刘士毅担任，辖覃连芳任师长之第131师、苏祖馨任师长之第135师、莫德宏任师长之第138师，隶属于李品仙第11集团军。该军1937年10月开到徐州后，一直就地进行训练，直到12月中南京失守，做为仅可抽调的部队移驻淮河南岸担任防御任务。第31军多数战士是抗战全面爆发后在广西征募的新兵，只有138师823团第1营是贵州籍的老兵，在桂系的三个军中，公认战斗力最弱。
第31军的对手，则是一支既老又新的部队——日军第13师团，师团长是荻洲立兵，辖沼田德重之第26旅团、山田丹二之第103旅团。说它老，是因这支部队的历史可以追溯到日俄战争时期;说它新，则是因为原来的13师团已经在1925年撤消，这支部队是在侵华战争全面爆发后恢复番号在仙台重建的。说来也巧，第13师团的成立时间和第31军一样，也是1937年9月。第13师团属于战争爆发后新成立的特设师团，虽然自称是“第3和13师团在哪里，天皇就放心”，但其实在侵华日军各师中属于战斗力较弱的一支。淞沪会战中曾经一个联队伤亡过半;1940年反攻宜昌作战时，13师团部被困在城内，更是险些全部“玉碎”。
第13师团乘肆虐南京之淫威大举向西北进犯，攻入安徽省境。12月20日占领滁县，沿大道向明光(今嘉山)方向突进，与第31军在张八岭、自来桥一线发生小规模交火后停止前进，转入休整，第31军则以第135师派出小部队对日军进行袭扰作战。在紧张的对峙与零星的枪声中，送走了满是中国人民血与泪的1937年。
经过两周的休整，1938年1月15日，日军前锋第26旅团兵分两路，直扑明光、定远两座县城。第31军让开明光，主力集中于定远地区，布置在日军正面的第31军中战斗力最强的138师。莫德宏师长将部队展开于池河东岸，示敌以背水一战决死之势。日军发动多次攻势均被击退，两军在池河岸边拉锯、撕杀、反复争夺达11天之久。后日军钻隙从138师阵地右翼的藕塘强渡成功，直冲定远县城。第138师为免后路被切断也放弃阵地撤退。1938年1月31日，中国农历丁丑年的春节，日军占领定远县城。
当地百姓听说来犯的日军是参加过南京大屠杀的第13师团，纷纷弃家逃亡。定远的不少百姓更是在大年三十和正月初一的喜庆之日，匆忙收拾家当背井离乡而去。一个去旧迎新的春节，成了逃亡的修罗场，一路上老人的叹息和孩子的哭闹代替了本应有的鞭炮爆竹声。
1938年1月下旬，日军第13师团主力攻占滁县、来安、明光、他河、藕塘，抵达池河东岸。日军第13师团另一部攻占扬州后，即进击邵伯、天长一线。日军第9师团一部攻占裕溪口后，循淮南铁路北进至巢县、全椒一线。图为在滁县准备沿津浦铁路北进的日军
第31军各部队为了掩护百姓逃难，在红心、卸甲店、洋店、武店等地组织了多次阻击，部队为此伤亡颇重，有一个连队剩余的四五十人，退入楼店村后，被追击而来的日军赶上，搏斗后全部殉国，尸体被填进村内王成九酱园的酱缸内。掩护撤退过程中，第138师第414旅还丢掉了两门火炮。广西军队的火力本来就相当贫弱，这个损失令师长莫德宏心如刀割，对414旅旅长钟毅大发雷霆。钟旅长则不以为然，坚持认为只有维护好安徽的老百姓，桂系军队才能安身，相比之下一两门炮又算得了什么?也许正是钟旅长这样的观念，才换来日后桂系在安徽的立足。
钟毅旅长是广西新宁人，毕业于韶关讲武堂第2期，日后升任第173师师长。1940年5月枣宜会战中掩护大军撤退，壮烈战死。或许是31军和13师团这两支几乎同时编成的军队有命中注定的巧合，钟旅长的对手，日军第26旅团旅团长沼田德重，日本士官学校第19期和陆军大学27期毕业的“优秀”军官，也在1939年7月末鲁西扫荡中被八路军打成重伤，挣扎了二十多天后终于毙命。
在战区长官李宗仁的默许下，第31军陆续西撤进入山区，避开与日军的正面接触，接替他们继续成为淮河阻击战主力的，是日后坚持苏鲁敌后根据地的东北军第51军。
正在31军和日军缠斗之时。1938年1月17日，军事委员会在武汉召开作战会议，会上委员长蒋介石阐述了南京失守后的全国作战方针“以武汉为核心，东要保持津浦路，北要保持道清路”。根据军委会的作战计划，和面临的敌情，第五战区司令长官李宗仁与正副参谋长徐祖贻、黎行恕商讨调整防御布局。2月3日，正式下达新的作战命令，组成“淮河防线”：
以第11集团军(欠第31军)为第1野战兵团，由战区副长官兼集团军总司令李品仙指挥，布防于定远以西三十里铺至淮河南岸之间，向临淮、蚌埠之敌侧背威胁，牵制其渡河。
以第51、31军为第2野战兵团，由第51军军长于学忠指挥，在淮河北岸布防，阻止敌之北上。
以第27集团军及安徽保安第3、4团为第3野战兵团，由总司令杨森指挥，担任安庆及附近江面之守备，并在安庆、庐江、无为地区游击。
以第21集团军为第4野战兵团，由总司令廖磊指挥，集结于合肥、张桥镇一带，准备向含山、全椒前进，侧击津浦南段之敌。
以上四个兵团，统由第5战区副司令长官李品仙上将指挥。
作战命令下达时，负责正面阻击日军的第51军军长于学忠已经率部由砀山兼程赶赴淮河前线。
第51军是东北军部队，军长于学忠，下辖周光烈第113师、牟中珩第114师，共有四个旅八个团。该军于1938年元月11日一度调到蚌埠、临淮关、何集地区驻防，准备接替第31军防务，但只两天之后，又被战区长官李宗仁下令北开砀山，归入第3集团军指挥，只留114师继续防守临淮关，归第31军军长刘士毅指挥。
日军杀向定远、明光后，第31军军长刘士毅令114师340旅渡到淮河南岸增强防御，并以679团派出一个加强营进驻明光。但是后来战局不利，刘军长未向114师通报就将明光附近守军全部撤离，导致679团加强营被日军突袭，几遭灭顶。第1连连长赵天威率部据险掩护全营撤退，与日军搏杀之中全部殉国。1月18日，明光沦陷。
1月26日，日军华中方面军已向第13师团下达命令，要求歼灭凤阳、蚌埠地区之中国军队，准备渡淮北上。第13师团在突破31军防御后，即兵分三路执行上峰命令，师团长荻洲立兵率师团主力为中路，从滁县出发，渡过池河指向凤阳、蚌埠;原来的先锋第26旅团长沼田德重率4个步兵大队、2个山炮兵大队为东路，经明光沿津浦路进犯蚌埠;第65联队联队长两角业作率3个步兵大队、1个炮兵大队为西路，从全椒出发，经大桥镇、定远进行迂回掩护。
1月31日，日军先锋寇犯临淮关，为380团击退。次日，被桂系31军弃守的蚌埠、凤阳均沦陷。114师在淮河以南的部队与日军激战4个小时，终以众寡不敌撤回淮北。340旅旅长扈先梅下令炸毁淮河大桥。但是南岸民船百余艘未及撤走或破坏，以至为日军所用，险些破坏淮河防线大局。
2月3日一早，日军第26旅团两个大队由蚌埠以东出发，在战斗机掩护下强行渡淮，将守军第342旅击退，占领北岸一片登陆场，114师发起驱逐作战失败。4日，51军军部及第113师车远赶回淮河北岸，下车后迅速投入战斗，将该部日军驱逐回南岸。但同日26旅团一部又在蚌埠以西出发渡淮得手，并攻取了怀远县城，前锋抵达涡河南岸。
已经到达固镇的于学忠军长得到战报后，命令113师加强安徽省保安第2团，负责涡河北岸经怀远至淮河北岸小蚌埠防御，第114师负责临淮关之北岸至西门渡一线防御，严防死守日军继续向北进攻。
经过短暂的平静，2月8日，日军集中20架飞机和大量火炮，掩护第26旅团主力渡河成功，并攻克了小蚌埠。第113师师长周光烈趁日军立足未稳发起反击，339旅窦光殿旅长亲自督队奋战，终于9日凌晨1时收复小蚌埠。但到10日上午，日军再次反扑又将小蚌埠攻陷。几经争夺，113师部队残破不复堪战。11日，临淮关对岸日军也渡河突破北岸晏公庙114师阵地，将其占领。114师以340旅发起反击，一度夺回新庄、梅园子等几个村落，但伤亡达两千余人，无力再战，只得向沫河口、年家庙一线撤退。
于学忠军长见原有阵线已经残破，下令竟各师调整到固镇及淝河附近之何集、新马桥一线，，并于12日夜向日军发动反攻，但血战半天，只将临淮关方面日军逼至淮河大堤下，小蚌埠则无力收复，双方阵线犬牙交错。但第51军伤亡已经到达五千多人，正是岌岌可危。就在这个时候，一位曾经受到蒙蔽，令自己的人格与历史蒙羞的将军出场了，淮河沿线，将成为他血洗耻辱的第一战。
防卫厅战史和儿岛襄的中日战争，都没提到小蚌埠的战斗。这一节的内容全来自国军方面史料，缺乏双方资料对照，敬请各位看官多加小心。
在今天，张自忠是一个符号，抗战殉国，英烈千秋。然而在1938年，却并非如此。由于张自忠在七七事变前后对日的暧昧态度和所做所为，社会各界多把他当做一个落水汉奸。后来他从日本人的魔掌中冒险逃出，也没有多少人愿意谅解他。他一手训练的第三十八师，已经扩充为陆军第五十九军，军长虚位以待，他却回不去，只能留在军政部做附员，形同软禁。
当时西北军在南京的长官冯玉祥、张之江等人，纷纷上书为张自忠求情。李宗仁到南京后，也向西北军的将领们询问张自忠其人，所得到的回答，都说张是一员勇将，为人侠义，断不会做汉奸。李宗仁在面见蒋介石的时候，便为张求情。在众将推动之下，蒋介石终于松了口，批准张自忠回到部队。当时第五十九军驻在河南焦作地区，隶属第一战区指挥。徐州南、北两线序战开始后，军事委员会调集大军增援，第五十九军于1938年1、2月间，沿陇海线经商丘至宿县，编入第五战区作战序列。李宗仁在回忆录上说，张自忠得知归李氏指挥后，大喜过望。其实李宗仁当时兵力正紧，桂军主力第七军等部舍不得用，川军各部声名狼籍质量有限，孙连仲部已经部署在阵地上动不得，汤恩伯部则不是他能简单指挥得动的，尴尬之际忽得劲旅，恐怕不只是大喜了。
在第五战区的命令下，第五十九军尚未歇息，就开往淮河方向增援作战，先遣队第一八零师六七八团由崔振伦团长率领，在2月13日早晨赶到固镇，迅速占领掩护阵地。当日，全军陆续开到固镇地区，接替第五十一军的正面防线。张自忠布置第三十八师主力防守固镇以西的瓦瞳集、杨店子一线，第一八零师，沿杨店子到回小落布防，第三十八师的一一四旅作为预备队驻守任桥镇，掩护军部在此开设的指挥所。
日军方面，第十三师团原本得到的命令是消灭凤阳、蚌埠地区的中国军队。但荻洲立兵大举北上，已经突破了命令限制，华中方面军不断要求该师团应退回原定位置。于是，第十三师团只留小部兵力，占领淮河北岸大堤沿线及小蚌埠、曹八集、临淮关等据点，主力调回南岸扫荡在后方展开游击的国军部队，掩护工兵全力修复津浦线和蚌埠铁路大桥。到2月14日，才得到日军大本营补发的命令“为了确保扬子江右岸地区内的各要地安定，可以占据扬子江左岸要地”，认可了第十三师团的布防现状。
就在这一天，第五十九军向日军发起反击。当日天刚亮，第一八零师第六七八团范绍祯营冲进了曹八集，将据守该处的百余日军驱赶到淮河铁桥方向。下午，该团邢炳南营与临淮关方向的日军也发生战斗，日军抵抗甚烈，团长崔振伦又以杜清岭营支援临淮关方向，彻夜激战，将日军逐回淮河南岸。当事军官回忆，撤退的日军丢弃了十余具尸体。
截止2月14日中午，除小蚌埠以外的日军据点均被清除。
入夜，第三十八师全线推进到小蚌埠附近，新兵团长李九思隐蔽进至小蚌埠以北侦察后报告，驻守在此的日军约五百人上下，分布于小蚌埠村内及淮河大堤上下，并修建了工事，如果白日强攻，恐难奏效。张自忠与第三十八师师长黄维纲商议后，决定在次日夜间，采取突袭消灭敌军，并拟定了作战计划。第二天，张自忠召集正在待命的三十八师班长以上干部做战前动员，号召官兵“发扬勇敢顽强的战斗精神，狠狠的打击日军。以我军夜战之长，攻敌军夜间怯战之短!”!
2月15日夜12时，第三十八师以第一一二旅向小蚌埠日军发起攻击。李金照旅长布置第二二三团清除淮河大堤上下的日军，第二二四团进攻小蚌埠村。第二二四团团长黄贵长以主力第一营打先锋，直冲日军指挥部;第二营助攻。日军反映十分迅速，立即收缩兵力于中心院落和据点进行反击。先头连连长吴锡功率部冲过村内一条大街时，遭到鹿砦中日军射击，中弹阵亡。后续部队携带机枪爬上民房，以火力压制日军，保证部队运动。对驻有日军的院落，采用步兵包围，机枪警戒出口，突击队白刃突入的方式予以消灭。最后，残余日军据守在一个大院内顽抗。第一营冲击不利，营长赵金鹏灵机一动，命令所有人向院内集中投掷手榴弹。日军抵挡不住，夺门而出，结果除少数逃脱外，均被打死。到16日凌晨4时，小蚌埠已被第二二四团肃清。第二二三团也在师山炮营支援下将淮河大堤上下的日军驱逐。第五十九军统计战果，共缴获日军枪支300余支、战马10余匹，收尸数十具。第三十八师也伤亡连长吴锡功、赵青云、徐宝琛，排长田起瑞、郭星辰以下400余人。
李宗仁得到战报后，向全战区通报嘉奖第五十九军，各机关团体学校报章的贺捷慰问也如雪花般飞来。对张自忠来说，这是他回到部队的第一仗，一战得胜，总算丹心昭雪，扬眉吐气了。
2月17日，第五十九军奉命将淮河防线移交第五十一军，北运滕县集结。等待张自忠和第五十九军将士的，将是另一个战场——临沂。
由此中日两军沿着淮河对峙，不断小规模拉锯战，直到台儿庄战役结束。
徐州南线作战很少被人提起，实则是非常重要的。淮河阻击战，历时近20天，挫败了日军北犯的势头，为之后中国军队赢得台儿庄大捷创造了必要的条件，可以说，没有淮河阻击战，就没有日后的台儿庄大捷!
